Медицинский факультет Университета Коменского был основан в 1919 году как один из четырех факультетов нового университета и первый медицинский факультет в Словакии. Факультет осуществляет активную педагогико-образовательную и научно-исследовательскую деятельность, проводит медико-профилактические и другие профессиональные мероприятия. Основная задача факультета — осуществление преддипломного обучения студентов, в ходе которого они получают общее медицинское образование. Преподавание общей медицины и стоматологии осуществляется на словацком и английском языках. Желающие заниматься научной работой могут продолжить обучение в аспирантуре и защитить докторскую диссертацию.